Die Abschlussphase ist ja selbst in mehrere Schritte unterteilt....damit wohl genau solche Unklarheiten beseitigt werden können
Im ersten Schritt der Abschlussphase werden alle Karten und Spieleffekte, welche in der Abschlussphase eine Rolle spielen abgehandelt. Danach kommen erst die NPC's, Brand, Gift usw.
Der Mamushi taucht also wieder auf und kann dann z.B. den Giftmarker verlieren...Missionspunkte gibts dann erst zum Schluss der Abschlussphase, wenn alle anderen Effekte abgehandelt wurden und neue Aktionpunkte verteilt wurden.
Siehe dazu S. 17 im Regelbuch.